پس از پیروزی شکوهمند انقلاب اسلامی به رهبری بزرگ مرد تاریخ ، امام خمینی ( رحمةالله علیه ) ، و حاکمیت تفکر دینی در اداره ی جامعه ، نیاز به نیروی انسانی متعهد ، متدین و کارآمد در تمامی عرصه های فرهنگی ، علمی و اجتماعی مشاهده گردید.

تربیت چنین نیروهایی ، تنها از فضاهای آموزشی بر خاسته از متن انقلاب میسر و ممکن می نمود. لذا مدرسه عالی شهید مطهری که به تولیت آیت الله امامی کاشانی بعد از انقلاب به مرکز گسترش و ترویج تفکر اسلام ناب محمدی  (ص) در میان جوانان تبدیل گشته بود ، بنابر ضرورت اصل تربیت در سنین نوجوانی ، پیشنهاد تأسیس رشته ی علوم و معارف اسلامی را در سطح دوره ی متوسطه آموزش و پرورش ارائه نمود تا از این طریق تأثیر تحولات فکری و فرهنگی انقلابی و اسلامی را به درون نظام آموزش و پرورش وارد نماید.

بر همین اساس شورای عالی آموزش و پرورش در سیصد و چهل و دومین جلسه ی خود در تاریخ 9/3/63 اساسنامه ی رشته ی علوم و معارف اسلامی را به تصویب رساند و به مدرسه عالی شهید مطهری ابلاغ نمود.

مدرسه عالی شهید مطهری در سال 1364 اولین دبیرستان خود را در تهران و مشهد تأسیس کرد و به مرور به گسترش این دبیرستان ها در شهرهای مختلف اقدام نمود و در طول سالهای متمادی ، مدرسه عالی شهید مطهری سعی نموده همواره با تغییرات نظام آموزش و پرورش ، تغییرات لازم را در برنامه های خود و برنامه های رشته بوجود آورد تا آنجا که شورای عالی آموزش و پرورش در سال 1374 با توجه به آثار و برکات و استقبال خانواده ها و دانش آموزان از این رشته ، رشته ی علوم ومعارف اسلامی را به عنوان یک رشته ی مستقل در شاخه ی نظری دوره ی متوسطه در کنار رشته ریاضی ، تجربی و انسانی به رسمیت شناخت.

با توجه به تحولات فرهنگی و اجتماعی ، سیاستگذاران مدرسه عالی شهید مطهری سعی نموده اند رشته ی علوم ومعارف اسلامی را به گونه ای مدیریت نمایند تا مدارس معارف به محیطی سالم ، معنوی و علمی تبدیل گردد تا در سایه ی پربرکت آموزش معارف دینی ضمن ارائه ی آموزشهای عمومی ، دانش آموزان به گونه ای تربیت پیدا نمایند که با درک نیازهای اجتماعی و دینی و انقلابی وظیفه ی سنگین و خطیر تبلیغ حکیمانه ی دین را به دوش گیرند.

اکنون بعد از گذشت بیش از سه دهه ، می توان رشته ی علوم و معارف اسلامی را به عنوان یکی از دستاوردهای فرهنگی انقلاب اسلامی به شمار آورد که ضمن ایجاد پیوند عمیق میان تحصیلات متوسطه و علوم دینی ، فرصتی برای تعلیم و تربیت الهی دانش آموزان را فراهم نموده است تا آنان با گذراندن مواد درسی تخصصی این رشته آمادگی ادامه تحصیل در حوزه های علمیه و رشته های علوم انسانی دانشگاه ها را پیدا نمایند.

این افتخارات و آثار موجب گردید تا این رشته بارها و بارها مورد لطف و حمایت مقام معظم رهبری قرار بگیرد به طوری که در تاریخ 27/12/68 در دیدار مسئولان مدارس علوم و معارف اسلامی شهید مطهری فرمودند :

" به نظر بنده تأسیس این مدرسه بحمدالله یکی از ابتکارات بسیار خوب و خیلی مفید و راهگشا بوده است و انشاءالله ادامه پیدا کند"

الحمد لله  دبیرستان دخترانه علوم ومعارف اسلامی در سال 1370 به همت حضرت آیت الله ناصری  در شهر یزد تاسیس گردید و در سال ۱۳۹۳ با تغییر نظام آموزشی کشور دبیرستان دوره اول شهید مطهری(ره) نیز در شهر یزد شروع به کار نمود.

الحمدلله هرساله دانش آموختگانی مومن ، متعهد و شایسته  از این واحد آموزشی فارغ التحصیل می شوند .